Anh hùng xạ điêu: Cửu Âm Bạch Cốt Trao là câu chuyện được xây dựng dựa trên tác phẩm kiếm hiệp kinh điển của nhà văn kim dung. Phim xoay quanh hình tượng nàng Thiếu nữ Mai Nhược Hoa, một cô gái lưu lạc lang thang khắp chốn, đầy rẫy sóng gió cuộc đời. Bởi lần thơ bé khi bị bắt mảnh và phải sống bấp bênh, Mai Nhược Hoa đã đánh mất đi gia đình và cuối cùng trở về quê hương với tâm trạng u tối.
Tâm trí của cô rất thông minh, tinh khôn và nhu thuận, nhất là khi gặp gỡ Hoàng Dược Sư, vị đại sư dòng thiền xuất chúng. Ông đã nhận cô làm đồ đệ và đặt cho cô tên mới là Mai Siêu Phong. Trở thành học trò của Hoàng Dược Sư, Mai Siêu Phong được truyền dạy võ công, cùng các sư huynh lớn lên trên Đào Hoa Đảo. Cuộc sống mà cô được trải nghiệm trên đảo, chẳng những được huấn luyện võ nghệ mà còn học được lối sống đạm bạc, thanh cao, hiền lành và nhân ái của đạo giáo.
Hoàng Dược Sư là bậc thầy võ công nhưng cũng là người đầy tình nghĩa. Tuy nhiên, trong quá trình dạy dỗ Mai Siêu Phong, ông phát hiện ra tình cảm của cô dành cho mình đã vượt khỏi phạm vi thầy trò. Quyết định tạm rời xa Đào Hoa Đảo, Hoàng Dược Sư nhìn ngóng cô phù du dậm chân tại chỗ, mãi đến khi cô đủ trưởng thành để trở thành người phụ nữ vĩ đại. Hai năm sau, Hoàng Dược Sư cùng thê tử Phùng Hằng trở về đảo, mang theo nửa bộ Cửu Âm Chân Kinh để truyền lại cho Mai Siêu Phong, khơi dậy giấc mộng thoát xác, tìm kiếm chân lý và hạnh phúc.
