BoBoiBoy (Phần 2) tiếp tục đưa khán giả lội ngược dòng về hành tinh BoboiBoy cùng vớiadventures đầy bứt phá của cậu bé siêu năng lực nổi tiếng. BoBoiBoy, với sức mạnh từ 3 yếu tố: lửa, nước, địa chất cùng sự trợ giúp của cộng sự robot thông minh, Ochobot, cùng với hội bạn có siêu năng lực là Ying, Gopal, Fang và Yaya, sẽ phải đối mặt với một kẻ thù mới đầy nguy hiểm. Các biện pháp phòng thủ được thiết lập trước đây không còn đủ mạnh để chống lại những thế lực hắc ám đang âm mưu bao trùm hành tinh BoboiBoy. Tập đoàn các năng lực đặc biệt của BoBoiBoy và bạn bè sẽ phải được sử dụng tối đa để bảo vệ bình yên cho mọi người.

Bộ phim không chỉ tập trung vào những trận chiến gay cấn, bối cảnh phiêu lưu viễn tưởng với kỹ xảo hoành tráng mà còn khai thác những góc xoay quanh cuộc sống hàng ngày của BoBoiBoy và lũ bạn. Nào là những vụ bê bối học đường, hài hước khi nhóm bạn cố gắng cân bằng giữa việc học hành và các nhiệm vụ phi thường, nào là những giây phút đồng cam cộng khổ, tình bạn thiêng liêng trong nghịch cảnh.

Mặc dù nhiệm vụ cứu thế là trọng tâm, BoBoiBoy (Phần 2) cũng mang đến những bài học ý nghĩa về tinh thần đoàn kết, lòng dũng cảm, sự hy sinh, và đặc biệt là khát vọng vươn lên.
Những trận chiến khốc liệt đan xen cùng đó là những tình huống hài hước, giản dị của tuổi học trò sẽ mang đến cho khán giả một bữa tiệc giải trí cuốn hút và đầy cảm xúc.