Theo đuổi một tình yêu mới trong Gen Y The Series trở nên cực kỳ phức tạp khi niềm tin và đau buồn vẫn còn ngóng vọng. Sau khi chia tay Pha, Wayu tìm thấy sự an ủi trong sự quan tâm chân thành của anh em tốt Mark. Mark, quyết tâm đưa Kit, nàng thơ lạnh lùng của trường y, vào tim mình, đã lên kế hoạch theo đuổi cô. Thế nhưng, tình huống trở nên bất ngờ khi Pha tái xuất để gặp Wayu vào ngày chính thức Mark diễn ra kế hoạch. Pha không đến, Mark bị từ chối, và cả hai đều chìm trong thất vọng và buồn bã.
Dần dần, Wayu bắt đầu chấp nhận cuộc sống không có Pha, đồng thời khích lệ Mark đừng nản lòng. Cả hai bạn thân cùng nhau vượt qua nỗi đau và hỗ trợ lẫn nhau. Mark lại một lần nữa quyết tâm theo đuổi Kit, và Kit cũng mở lòng cho anh. Nỗi niềm yêu muộn màng của Mark bừng cháy, mang đến hy vọng cho mối tình đáng yêu giữa anh và Kit. Dẫu vậy, niềm vui bất chợt lại bị gián đoạn khi Pha bất ngờ trở lại. Lần trở về này của Pha đem đến một cơn bão emo cho tất cả mọi thứ, hứa hẹn những thử thách mới cho Wayu và Mark, khiến khán giả vô cùng tò mò về những diễn biến sau này.
Tình yêu, thù ghét và sự trong sáng của tuổi trẻ được khắc họa đầy cảm xúc trong Gen Y The Series. Mỗi tập phim là một mảnh ghép đan cài, tạo nên bức tranh đầy màu sắc về cuộc sống bận rộn, những ham muốn và những trái tim cất cánh.
