Sóng náo dữ dội lan truyền trên toàn nước Mỹ sau khi một vụ nổ khủng bố kinh hoàng xảy ra tại Dallas, Texas. Tòa nhà cao tầng sụp đổ, thiệt mạng hàng trăm người. FBI dispatched đặc vụ huyền thoại FBI Fox Mulder và đồng nghiệp Dana Scully để điều tra vụ án, hiếm hoi lại cũng đầy bất thường. Trong khi những dấu hiệu đầu tiên cho thấy một vụ tấn công của nội bộ terron, Mulder nhận ra rằng có điều gì đó không ổn. Bối cảnh vụ án rắc rối thêm bởi sự xuất hiện của một bác sĩ hoang tưởng có những lời tiên đoán kỳ dị.

Lập luận và lý giải của bác sĩ không ai tin tưởng, cho đến khi Mulder và Scully phát hiện ra một loạt chứng cứ bí ẩn. Bằng chứng chỉ về một loại virus chết người được giấu kín, có khả năng gây ra dịch hạch với tốc độ đáng kinh hoàng. Những dấu vết lần theo chặng đường được giấu kín, dẫn đến một âm mưu hắc ám vươn ra ngoài ranh giới của Trái đất. Để tiến về phía trước, Mulder và Scully phải hợp tác với bác sĩ hoang tưởng, đối mặt với sự chống đối từ các đồng nghiệp và chính quyền, thậm chí phải bỏ mạng. Họ phải tìm ra người đứng sau âm mưu và loại bỏ virus chết người trước khi nó lan tràn, hủy diệt mọi sự sống trên hành tinh này.

Hồ Sơ Tuyệt Mật (Phần 6) mang đến một câu chuyện căng thẳng và đầy bất ngờ, xoay quanh chủ đề vi rút bí ẩn và âm mưu tai mắt. Việc Mulder và Scully vượt qua giới hạn sự thật khi tìm kiếm sự thật choáng váng hứa hẹn một hành trình phiêu lưu ly kỳ và đầy khắc nghiệt.