Trong “Hồ sơ Tuyệt mật” – Phần 9, Mulder một lần nữa biến mất, nhưng lần này cốt cách anh ta khác hẳn những lần trước. Đây là sự tự nguyện, một cách để anh bảo vệ Scully và William. Kế hoạch diệu kỳ này lại càng trở nên rắc rối khi Đặc vụ Doggett, bị thuyết phục bởi sự hối lộ bí mật mà Kersh trao đổi. Để tiếp tục điều tra Phó Giám đốc, Doggett tìm Mulder mọi thủ đoạn. Scully, hiểu được sự hiện diện của Mulder chỉ khiến William gặp nguy hiểm, cùng Skinner thuyết phục Doggett từ bỏ sự truy tìm Mulder, hướng sự chú ý vào những vụ hành vi phạm pháp khác. Dù vậy, nỗi lo âu về William vẫn ám ảnh Scully. Cô nhận ra con trai mình đang bị một giáo phái tôn giáo theo đuổi để giết chết. Scully lao vào cuộc chiến bảo vệ William, tìm đến Lone Gunmen xin mánh để bảo vệ con trai. Thế nhưng, chính ngay lúc Scully cùng Doggett, Reyes và trợ lý của họ đang cố gắng bảo vệ William, đứa bé lại bị giáo phái bắt cóc. Cuộc tấn công bất ngờ buộc Scully phải lựa chọn một cách đau đớn. Lúc này, tin bất ngờ như bão tố giáng xuống, Mulder được tìm thấy – nhưng anh đang bị giam giữ trong một quân đội vì tội giết người.