Tiếp nối những câu chuyện hồi hộp về cuộc sống và bí ẩn của chàng trai đến từ Krypton, Thị trấn Smallville mùa thứ sáu quay trở lại với nhiều bất ngờ và thử thách đầy cảm xúc. Sau khi thoát khỏi Phantom Zone, Clark định cư trở lại Smallville nhưng không thể sống yên bình. Anh ta bắt đầu một cuộc truy tìm nguy hiểm những tù nhân nguy hiểm đã theo chân anh sang Trái đất, mang đến hiểm họa cho thị trấn và cả hành tinh. Nhưng trong lúc căng thẳng khẩn cấp ấy, Clark lại được giúp đỡ bởi một đồng minh bất ngờ, mang đến hy vọng cho cuộc chiến sắp tới. Trong khi đó, thị trấn Smallville đón chào một tân binh sở hữu khả năng và trang phục đặc biệt – Mũi tên xanh. Sự xuất hiện của anh ta nhanh chóng gây chú ý và vướng vào mối quan hệ đối lập với Clark. Thêm vào đó, mối quan hệ giữa Lex và Lana ngày càng tiến triển, mang đến những rung động mới mẻ trong cuộc sống của họ. Mùa giải này đánh dấu cuộc đối đầu gay cấn giữa Clark Kent và Lex Luthor. Sự cạnh tranh ngày càng gay gắt, tiền đề cho một trận chiến thiện ác định mệnh bùng nổ. Hành trình của Clark Kent trong mùa 6 đầy thử thách với sự xuất hiện của những mối đe dọa mới, sự gia nhập của đồng minh bất ngờ và những thăng trầm trong đời sống cá nhân hứa hẹn mang đến cho khán giả một mùa giải Smallville đầy kịch tính và bất ngờ.