Thủy Quái 2: Rừng đen tiếp tục cuộc phiêu lưu đầy bí ẩn của Nữ pháp y Thanh Linh, nàng với ánh mắt sắc bén, nhiều lần phá giải những vụ án kỳ lạ, nhưng thân thế của cô đều muôn phần mơ hồ. Bỗng nhiên, em trai cô đột ngột biến mất ở trấn Thượng Thuỷ xa xôi, ẩn chứa nhiều truyền thuyết cổ quái. Thanh Linh, trong lòng tràn ngập lo lắng và quyết tâm, một thân một mình lênh đênh đến trấn Thượng Thuỷ để tìm kiếm em trai. Đến nơi, cô càng cảm thấy sự bí ẩn nơi đây dày đặc khi những vụ giết người do “thuỷ quái” hung ác gây ra liên tục xảy ra.
Muốn tìm hiểu sự thật đằng sau những vụ án mạng và cái biệt thự rêu phong của gia đình, Thanh Linh mạo hiểm xông vào khu vực cấm, nơi lưu giữ những lời đồn đại về “thuỷ quái”. Xuất hiện trong màn sương tối, nơi bóng tối bao phủ, “thuỷ quái” với bộ dạng đáng sợ trở thành nỗi ám ảnh cho toàn trấn. Điều tra càng sâu, Thanh Linh lại càng vướng vào những âm mưu thâm độc, những bí mật bị gài giấu kìm kẹp cuộc sống nơi đây hàng thế kỷ. Liệu Nữ pháp y Thanh Linh có thể tìm ra thân thế của em trai mình và giải mã bí ẩn của trấn Thượng Thuỷ hay sẽ bị “thuỷ quái” nhấn chìm trong bóng tối?